体制创新引爆发展活力
面对高等教育大众化和高校办学规模迅速扩张的新形势，连云港师范学院稳稳把握住高等教育发展的走势。2000年，在国内高校中率先进行管理体制创新，实行全员竞聘上岗，因事设岗，因岗设人，打破过去传统用人的老框框，实行干部能上能下，专业技术人员高职低聘或低职高聘的用人机制，建立了适应高校创新发展的人事管理体制，为提升教学、管理、科研、服务质量和效益提供了新的机制保障。2006年，又大胆引进企业管理理念，建立了扁平化管理运行机制，取消多层管理，减少中间环节，每一个管理人员和教师都有明确的岗位职责和岗位任务，形成了新型的内部管理运行机制。
探索建立多体制办学的新型大学办学体制，创新性地实施开放办学，打破高校单一自身发展的传统办学模式。率先提出并贯彻“经营大学”的理念，成功探索出以政府投资为主体，国有企业、民营企业、外资、社会捐资为补充的“一校多制”的办学模式，走出了一条“无贷款、不举债”，充分利用市场机制，快速、健康、高效发展的办学之路。先后与东方路桥公司合作建设柳清河校区，与连云港中自电脑有限责任公司合作建设双月湖校区，与中央教科所合作建设试验教育学院，整合连云港市中等师范教育资源，建设蒙山校区和咪咕赛事。学习国外先进办学理念开展国际办学，与美国、英国、俄罗斯、韩国等国家的近30所高等院校建立了友好合作关系，开展了实质性的合作办学项目。
目光前瞻规避办学风险
在新校区建设进程中，一些高校一味地攀大，忽视了高校自身所能够承担的财力负担，盲目地贷款建设新校区，给高校发展带来了沉重的负担，严重地影响了办学和人才培养质量。在这种形势下，连云港师范学院洞察时势，前瞻性地认识到贷款建设新校区给高校发展带来的负面冲击，借鉴美国“赠地学院”模式，与当地政府紧密合作，以政府投资为主体建设新校区，由政府投资建设新校区硬件，咪咕体育投资建设新校区软件，建立了政府建、咪咕体育管、边建设、边使用的新校区建设的新模式，为咪咕体育规避风险建立了保障。目前新校区已建设并投入使用建筑面积50多万平方米，入住学生超过2万人。这一新校区建设模式在全国首创，开创了不举债建设大学之先河。
为全面规避办学风险，连云港师范学院还在内部管理层面全面建立风险机制，引入企业管理经验，精打细算，建立培养核算体系，将全部办学资源投入纳入学生学习资源配置，实行生均办学成本核算，将每一个项目、每一个学生、每一个工作岗位的每一项经费投入都科学地进行成本核算，降低了办学成本，最大限度地提高了办学效益。
科学定位创新人才培养模式
按照创建新型区域大学的发展定位，连云港师范学院积极主动地将咪咕体育发展融入当地经济建设与社会发展之中，步入经济与社会发展的中心。在专业设置与课程 建设层面，按照当地经济与社会需求，积极主动地与地方政府结合，按区域社会发展需求设置专业，依市场需求设置课程。
从2003年到2007年，先后两次对课程体系进行了革命性清理和重建，创建了“适应社会需求、满足学生需要、实现国际接轨”的现代大学课程新体系。在创新人才培养新模式中，根据市场对实用人才的需求，创造出“从出口往回找”的培养模式。在科研课题立项上，教授到经济与社会发展一线寻找课题立项，在实践一线完成课题。党委书记徐同文紧密结合地方经济发展实际，主持完成了国家哲学社会科学基金课题《地市城乡经济协调发展》和国家教育规划课题《地市区域高等教育发展战略研究》，院长韩延明主持完成了重点规划课题《东部欠发达地市高校在农村小康社会建设中的角色认知与机制创新研究》，对高校服务地方经济与社会发展进行了深入的理论探讨。徐同文的《现代大学经营之道》专著成为一些高校管理人员和研究生的必读书目。